Согласно пункту 6 статьи 346.45 НК налогоплательщик считается утратившим право на применение ПСН и перешедшим на УСН или на ЕСХН (в случае применения налогоплательщиком соответствующего режима налогообложения) с начала налогового периода, на который ему был выдан патент, в случае нарушения условий, предусмотренных подпунктами 1 и 2 данного пункта.
В соответствии с пунктом 7 статьи 346.45 НК суммы налогов, подлежащие уплате в соответствии с применением УСН или ЕСХН, а также суммы торгового сбора за период, в котором ИП утратил право на применение ПСН, исчисляются и уплачиваются ИП в порядке, предусмотренном законодательством РФ о налогах и сборах для вновь зарегистрированных ИП. При этом указанные ИП не уплачивают пени в случае несвоевременной уплаты налогов (авансовых платежей по налогам), подлежащих уплате в соответствии с УСН (ЕСХН), и сумм торгового сбора в течение того периода, в котором применялась ПСН.
Сумма налога, уплачиваемого при применении УСН (ЕСХН), подлежащая уплате за налоговый период, в котором ИП утратил право на применение ПСН, уменьшается на сумму налога, уплаченного в связи с применением ПСН.
До внесения в форму декларации по УСН и порядок ее заполнения необходимых изменений налогоплательщикам, утратившим право на применение ПСН, рекомендуется учитывать суммы налога, уплаченного в связи с применением ПСН, посредством уменьшения на них суммы налога, подлежащего уплате (доплате) за налоговый период, которая отражается по строке 100 Раздела 1.1 и 1.2 декларации по УСН, по строке 004 Раздела 1 декларации по ЕСХН.
Такие разъяснения дает ФНС в письме № СД-4-3/12517@ от 29.06.2017.